Здравствуйте, Андрей! Я так понимаю, Вы говорите о комете Шумейкеров-Леви. Что же, всё очень просто. Юпитер - действительно является газовой планетой, при том, самой массивной в Солнечной системе. И своим гравитационным полем "встал на пути" у кометы, притянув ее в себя. Взрыв произошел, когда комета при падении в Юпитер разогрелась при трении об атмосферу (собственно о водород Юпитера), равно как и разогреваются и сгорают метеориты, падающие на Землю. Кратеров на Юпитере не осталось и остаться не могло. Но, учитывая, что атмосфера его слоистая (разнородная по плотности), взырная волна создала очаги разряженной атмосферы, которые и обозначили себя в виде "пятнышек". Но это не кратеры, а завихрения газа.